//Чи правда, що коронавірус був у Європі ще в березні 2019 року?

Чи правда, що коронавірус був у Європі ще в березні 2019 року?

Новий коронавірус — SARS-CoV-2 — можливо, був у Європі довше, ніж вважалося раніше

Нещодавні дослідження продемонстрували, що він циркулював в Італії ще в грудні 2019 року. Ще дивніше те, що дослідники з Університету Барселони виявили сліди вірусу в процесі тестування необроблених зразків стічних вод від 12 березня 2019 року.

Дослідження нещодавно опублікували на сервері препринтів medRxiv. Зараз стаття на стадії критичної рецензії незалежних експертів перед підготовкою публікації в науковому журналі. Доти, доки процес експертної оцінки не буде завершено, до доказів слід ставитися з обережністю.Є кілька пояснень цієї позитивної проби

Отже, як проводився експеримент і що саме виявили вчені?

Одним з перших висновків про SARS-CoV-2 є те, що його виявили у фекаліях інфікованих людей. У міру того, як вірус проникає через кишечник — де він може викликати шлунково-кишкові симптоми — він втрачає зовнішню білкову оболонку, але шматочки генетичного матеріалу, званого РНК, виживають і залишаються в фекаліях. І тоді вони вже не заразні — принаймні, так нам говорять нинішні дані.

Але той факт, що ці фрагменти РНК коронавірусу можна знайти в неочищених стічних водах (відомих як «притік») корисні для відстеження спалахів. Дійсно, за ними можна передбачити появу спалаху від тижня до десяти днів до появи офіційних даних. Причина в тому, що коронавірус у людей виділяється до появи очевидних симптомів. Приблизно за тиждень. Ці «передсимптомні» люди мають достатньо розхворітися, щоб їх можна було виявити під час тестування, доправити в лікарню, а там вони вже потраплять в офіційну статистику хворих. Таким чином дані відстають приблизно на тиждень.

Як наслідок, багато країн, включно з Іспанією, нині проводять моніторинг стічних вод на наявність слідів коронавірусу. У цьому конкретному дослідженні епідеміологи стічних вод вивчали заморожені зразки «притоку» в період з січня 2018 року до грудня 2019 року, щоб побачити, коли вірус вперше з’явився в місті.

Вони виявили ознаки вірусу 15 січня 2020 року, за 41 день до того, як оголосили про першого зараженого офіційно — 25 лютого 2020 року. Всі зразки до цієї дати були негативними, за винятком зразка від 12 березня 2019 року, який дав позитивний результат в їх тесті ПЛР на коронавірус. ПЛР є стандартним способом перевірки того, чи є у когось захворювання.

Для тесту ПЛР потрібні зразки слини, слизу, заморожених стічних вод або чого-небудь ще, в чому ховається вірус. Далі відбувається видалення всього непотрібного матеріалу зі зразка, а потім перетворення РНК — єдиного ланцюжка генетичного матеріалу — в ДНК (знаменита дволанцюжкова спіраль). Потім ДНК «ампліфікують» (збільшення копій ДНК — термін з молекулярної біології — прим. ред.) у послідовних циклах доти, доки ключові фрагменти генетичного матеріалу, про які відомо, що вони існують тільки в конкретному вірусі, не стануть досить численними, щоб їх можна було виявити за допомогою флуоресцентного зонда.

У тестуванні на коронавірус вчені зазвичай проводять скринінг більш ніж одного гена. У цьому випадку дослідники перевірили три. У них був позитивний результат для зразка березня 2019 року в одному з трьох протестованих генів — гені RdRp. Вони скринували дві області цього гена, і обидві виявили тільки близько 39-го циклу ампліфікації. (ПЛР-тести стають менш «конкретними» зі збільшенням циклів ампліфікації. Вчені зазвичай використовують від 40 до 45 циклів ампліфікації.)

Є кілька пояснень цієї позитивної проби. Одне з них: SARS-CoV-2 наявний у стічних водах на дуже низькому рівні. Інша причина полягає в тому, що реакція тесту була випадково забруднена SARS-CoV-2 в лабораторії. Це іноді трапляється в лабораторіях, оскільки з позитивними зразками регулярно взаємодіють, і буває важко запобігти появі дуже маленьких слідів зразка, які забруднюють інших.

Інше пояснення: в зразку наявна інша РНК або ДНК, яка досить схожа на мету тесту, щоб він міг дати позитивний результат на 39-му циклі ампліфікації.

Необхідно провести подальші випробування, щоб зробити висновок про те, що зразок містить SARS-CoV-2, і виявлення його необхідно буде повторити окремо в незалежних лабораторіях.

Причини бути обачними

Цікаво, що цей висновок не узгоджується з епідеміологічними даними про вірус. Автори не наводять повідомлень про різке збільшення кількості випадків респіраторних захворювань серед місцевого населення після дати відбору проб.

Крім того, ми знаємо, що SARS-CoV-2 дуже добре передається, принаймні, в його нинішньому вигляді. Якщо цей результат є дійсно позитивним, це свідчить про те, що вірус був наявний у популяції з досить високою частотою, щоб бути виявленими в пробі стічних вод об’ємом 800 мл, але потім не був присутній при досить високій захворюваності, щоб бути виявленим протягом дев’яти місяців, коли його появу ніхто не контролював.

Таким чином, доти, доки не буде проведено подальших досліджень, краще не робити остаточних висновків.

Із матеріалів сайту nv.ua